深港科技创新合作区位于福田区南部与香港接壤处，是《粤港澳大湾区发展规划纲要》中唯一定位以科技创新为主导的合作区域。2017年1月，深港政府签署河套地区共同开发合作备忘录，明确联手打造深港科技创新合作区。合作区面积约4平方公里：位于香港一侧的河套A区，面积约0.87平方公里；包括皇岗口岸、福田口岸及周边配套功能区在内的河套C区位于深圳一侧，面积约1.67平方公里；福田保税区面积约1.35平方公里。

深港科创瞄准深港紧密合作和融合的潜力，从空间营造、科研配套、交通支撑等多方位实现合作区打造综合性国家科学中心和集聚深港科技创新资源的定位和使命。为了打造适宜科研活动的优良环境，深港科创严格落实上位规划要求，严控空间增量。为了保护生态湿地、鸟类迁移通道、深圳河等，方案采取了大梳大密、生态渗透的方针，也制定了海绵城市等规划策略。

为了尽快扩充空间规模，合作区采用多模式开发，包括净地开发、拆除重建、综合整治、微改造、环境提升等，以有机更新的手段逐步推进。实施方案还提出了未来开发建设计划，有关方面将按步骤稳健推进。

在此次规划的编制过程中，深港科创打破常规，在合作区总体规划、空间规划、口岸通关、科研规划、交通规划等上位规划尚未完成的情况下，同步开展统筹规划工作，不到两个月就形成了初步成果。